百佳食物安全中心於2000年設立，為全港首間同類的食物安全中心，專注於新鮮食物安全標準。食物安全中心的食品科學專員致力訂立並管理下體制：

設立此計劃的目的，是協助新鮮食品供應商發展及提升香港、內地及亞洲其他地區的食物安全標準。百佳的食物科學專員會到供應商的工場進行詳細的實地監察及審查，並作出詳盡的報告，列出任何可改善空間，並為供應商評級。所有百佳的新鮮食品供應商必須獲得此計劃認可，方能為百佳供應產品。

百佳對送達店舖的新鮮食物，設有嚴謹的食物安全處理程序，並按此程序審查所有售賣新鮮食品的分店；包括由百佳食物科學專員進行詳細的店舖審查，確保分店遵守處理程序，當發現有不足之處時作出糾正。

百佳為全港首間超級市場設立其兩個獨特的新鮮食品分發中心，以及溫度管制貨車。百佳的品質檢定專員會為每一批被運送的新鮮食物進行嚴 格的新鮮檢定，並緊密監察冷凍供應鏈、中央肉類處理中心及中央烘焙 中心。

百佳的食物安全引入全港首個全面的內地蔬菜食物安全系統，包括由百佳的農科專員監督審查對每個農場實施的「良好農業規範」系統，設立可追溯的條碼標籤，以及全面的農藥測試計劃。

百佳投資裝修兩個食物安全實驗室，設置世界級先進設備和系統。農藥實驗室每晚通宵運作，利用先進的GCMS (氣相層析儀 / 質譜儀) 技術及其他方法，為內地供港的百佳蔬菜進行農藥殘餘測試。微生物實驗室進行各項引致食物腐壞及食物中毒的生物測試，以緊密監察百佳售賣的食品安全。我們的微生物實驗室乃根據公認的國際標準ISO / IEC17025:2005獲得認可。